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Text File  |  1995-03-04  |  1.9 KB  |  44 lines
  1. **************************************************************
  2. * Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases family 2 signatures *
  3. **************************************************************
  4.  
  5. Ubiquitin  carboxyl-terminal  hydrolases (EC 3.1.2.15) (UCH) (deubiquitinating
  6. enzymes) [1]  are thiol proteases  that  recognize  and  hydrolyze the peptide
  7. bond at the C-terminal glycine of ubiquitin. These enzymes are involved in the
  8. processing of  poly-ubiquitin  precursors  as  well  as  that  of  ubiquinated
  9. proteins.
  10.  
  11. There are two distinct families of UCH.  The second class [2] consist of large
  12. proteins (800 to 200 residues) and is currently represented by:
  13.  
  14.  - Yeast UBP1, UBP2, UBP3 and UBP4 (DOA4/SSV7).
  15.  - Yeast hypothetical protein YKR098c.
  16.  - Human tre-2.
  17.  - Mouse Unp.
  18.  - Drosophila fat facets protein (gene faf).
  19.  - Caenorhabditis elegans hypothetical protein R10E11.3.
  20.  
  21. These proteins only share two regions of similarity. The first region contains
  22. a conserved cysteine which is probably implicated  in the catalytic mechanism.
  23. The second region contains two conserved histidines residues,  one of which is
  24. also probably  implicated  in  the  catalytic  mechanism.  We  have  developed
  25. signature pattern for both conserved regions.
  26.  
  27. -Consensus pattern: [LIVMFY]-x(3)-[AGC]-[NA]-x-C-[FY]-[LIVMC]-[NS]-[SC]-x-
  28.                     [LIVM]-Q
  29.                     [C is the putative active site residue]
  30. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  31. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  32.  
  33. -Consensus pattern: Y-x-L-x-[SAG]-[LIVMT]-x(2)-H-x-G-x(4,5)-G-H-Y
  34.                     [The two H's are putative active site residues]
  35. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  36. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: dog apomucin.
  37.  
  38. -Last update: June 1994 / First entry.
  39.  
  40. [ 1] Jentsch S., Seufert W., Hauser H.-P.
  41.      Biochim. Biophys. Acta 1089:127-139(1991).
  42. [ 2] Papa F.R., Hochstrasser M.
  43.      Nature 366:313-319(1993).
  44.